Здоровье Василия Павловича начало постепенно ухудшаться, но он продолжал свои наблюдения. В 1886 году был опубликован первый том результатов его двадцатилетнего упорного труда и готовились к публикации ещё два тома под заглавием «Астрономические наблюдения, выполненные В. П. Энгельгардтом на его обсерватории в Дрездене». Этот научный подвиг был по достоинству оценён астрономической общественностью. Кильский университет присудил Энгельгардту академическую степень доктора философии — honoris causa. Он счёл необходимым поехать в Киль и лично «поблагодарить Университет за оказанную мне совершенно неожиданную честь». Василий Павлович прислал изданный том своих «Наблюдений» в Казань с просьбой высказать мнение об этой обширной работе. Дубяго на заседании физико-математического факультета Казанского университета представил этот том на присуждение автору степени доктора астрономии без установленного испытания и представления диссертации. Окончил свою речь Дмитрий Иванович так: «Не часто приходится указывать в астрономической литературе на появление столь обширного, точного, в высшей степени добросовестного собрания наблюдательного материала, как настоящий труд В. П. Энгельгардта... Но если припомнить ещё сверх того, что масса опубликованных наблюдений сделана одним лицом в климатических условиях не вполне благоприятных и в сравнительно короткий период времени, то зная, какою ценою достаются астрономические наблюдения, мы не только признаём справедливые заслуги его перед наукой, но должны будем исполниться чувством высокого уважения к личности неутомимого научного деятеля. Для нас, русских, особенно должна быть дорога такая громкая научная слава, какую стяжал Василий Павлович своей деятельностью, ибо его обсерватория есть первая русская частная обсерватория, успех которой может выдвинуть на научное поприще других русских меценатов, чему разительные примеры видим в Англии, Америке... Тогда настанет, наконец, время, когда научная деятельность не принуждена будет искать себе опоры заграницей...

Высокая честь, которую окажет Казанский Университет В. П. Энгельгардту будет только должным воздаянием за его выдающиеся заслуги в пользу развития астрономии вообще и, в частности, развития астрономии в России». Предложение профессора Дубяго было принято факультетом в заседании 24 августа единогласно. Совет университета также единогласно поддержал его.

Василий Павлович пишет Дмитрию Ивановичу: «Я не ожидал такого высокого и почётного отличия от Русского Университета! Оно мне особенно дорого именно потому, что исходит из России, и притом из Университета, в котором Вы состоите профессором. Душевно и очень благодарен Казанскому Университету, но ещё более благодарен Вам, потому что Вы единственный виновник всего. Первый том моих наблюдений есть плод тяжкого труда, потому что я часто должен был твёрдою волею пересиливать усталость, доходящую иногда до изнеможения и происходящую от преклонных лет и плохого здоровья. Дай Бог дожить до окончания 2-го тома и тогда могу сказать: «ныне отпущающе Владыка раба своего»... А если я не доживу, то пожалуйста, возьмите в свои руки издание 2-го тома». К счастью, Василий Павлович сумел издать все три тома «Наблюдений». 

Утверждение из Министерства народного просвещения пришло в январе 1888 года. «Я сердечно желаю, чтобы Вы усмотрели в этой степени доказательство того, что Ваши труды на пользу Астрономии оценены и в нашем Отечестве по достоинству. Желаю чтобы Вы почерпнули в ней новую связь с русской наукой, наконец желаю, чтобы Вы носили это звание много лет, подвизаясь на астрономическом поприще с той же пользою, как доселе», — пишет Василию Павловичу Дмитрий Иванович. «...Я имею удовольствие поднести Вам одновременно с дипломом на степень доктора и докторский знак: этот последний, как знак моего личного высшего к Вам почтения. Посылая с настоящим письмом этот докторский знак я прошу Вас не отказать мне в удовольствии принять его от меня на память».

Международное признание научных заслуг Энгельгардта послужило почётному избранию его членом-корреспондентом Петербургской академии наук.

Министерство народного просвещения награждает Василия Павловича орденом Владимира 4-й степени».

Энгельгардт продолжает наблюдения и одновременно работает над изданием второго тома «Наблюдений». «Мне всегда кажется, что во время ясных ночей я обязан пребывать в башне, и чувствую угрызения совести и отчасти стыд, если не могу исполнять должность звездочёта», В 1891 году Василий Павлович поставил перед собой новую программу — наблюдение туманностей: «Мне нужно ещё 200 туманностей, чтобы сравняться с Шёнфельдом и Шульцем, которые имеют всего по 500 штук... Как видите замыслы у меня для моих 62 с половиною лет дерзновенные».

Но силы продолжали таять, и он всё чаще задумывался о будущем своих телескопов. Если раньше Василий Павлович хотел завещать их какому-нибудь южному университету, то теперь его симпатии перешли к Казани. В своём духовном завещании он передаёт посмертно «в полную собственность Казанского университета» для его Астрономической обсерватории двенадцатидюймовый экваториал с условием немедленной установки и капитал в пятьдесят тысяч рублей для уплаты жалованья по тысячи триста пятьдесят рублей в год астроному-наблюдателю. Во время заграничной командировки в 1894 году Дмитрий Иванович Дубяго с супругой навестили в Дрездене Василия Павловича, чем ещё больше упрочили их тёплые отношения.

По случаю выхода третьего тома «Наблюдений» Дубяго направил докладную записку в Министерство народного просвещения. Вскоре после этого Энгельгардт получил крупное повышения—чин действительного статского советника. Как писал Василий Павлович: «Не в пример другим ...из Коллежских секретарей да в Генералы». Из Министерства народного просвящения ему было конфиденциально подсказано о подаче прошения об определении на службу с причислением к МНП. Директор департамента Аничков ответил, что это причисление будет большой честью для Министерства. Какое-то время Василий Павлович думал после окончания астрономической деятельности вернуться в Россию, но после здравого размышления решил остаться в Дрездене в своём любимом доме и послал прошение об отставке, ссылаясь на ухудшившееся здоровье. Отставка была принята, а Энгельгардт награждён орденом Станислава 1-й степени, присланным ему через Казанский университет после «любезной инициативы, многих трудов и хлопот» Дубяго.

В течении всего времени знакомства и интенсивной переписки Энгельгардт и Дубяго старались быть полезными друг другу, обмениваясь новостями и советами относительно науки, общества, университетской жизни. По рекомендации Василия Павловича для ремонта инструментов в Казанской астрономической обсерватории был привлечён старинный друг Энгельгардта инженер-механик Густав Гейде. В Дрездене были осведомлены обо всех казанских и российских новостях. В свою очередь, оттуда шли бандероли со свежей научной астрономической информацией. 

В своих письмах Дубяго часто жалуется Василию Павловичу на трудности наблюдений в Казани, которая уже в то время была большим строящимся городом: «Тут я воочию убедился, как убийственно для наблюдений положение нашей Обсерватории в центре города, получившего печальную известность своей пылью...». Работая над реконструкцией городской Обсерватории, Дмитрий Иванович всерьёз начинает задумываться о переносе инструментов за город.

В декабре 1896 года в семье Дубяго родился третий ребёнок. Василий Павлович с радостью становится крёстным отцом новорождённого, правда заочно, большие путешествия уже не под силу стареющему астроному. Но он продолжает работать, хотя всё чаще приходят в голову тревожные мысли о судьбе любимых инструментов. В письме В. В. Стасову Энгельгардт пишет: «Часто по ночам во время наблюдений на меня находила грусть при мысли о судьбе моей любезной обсерватории. Я считал её русской и желал, чтобы инструменты перешли со временем в Россию. Я всегда был того мнения, что бездетным людям следует оставлять своё состояние всему народу, родной стране, на пользу общую». Всё больше и больше проникаясь симпатиями к Казанской обсерватории и её директору, видя его энергию и преданность науке, Энгельгардт решает немедленно, а не после своей кончины, как предполагалось прежде, передать все инструменты и оборудование Дрезденской Обсерватории Казанскому университету. Он пишет Дубяго: «...Конечно очень грустно расставаться с моими любезными инструментами, но я утешаюсь тем, что они будут в Ваших, ни в чьих других, как в Ваших руках. Мне же пора в чистую отставку. Последнее моё наблюдение было сделано 6 января сего года, и очень жалко, что это была Perrine, а не Ваша Диана. Затем я наблюдал время пассажным инструментом февраля. 5, 9 и 20 — это была лебединая песнь. С тех пор не было сил для работы».

В августе 1899 года скоропостижно от разрыва сердца скончалась супруга Энгельгардта Любовь Фёдоровна Энгельгардт. Последние несколько лет она жила с двумя компаньонками в городе Веймаре на юге Германии. Василий Павлович продолжает жить в одиночестве на своей вилле в Дрездене в окружении любимых собачек и птиц. Около него несколько верных слуг. «Люблю я свой дом. Без него стосковался бы до смерти! Сам строил, сам сажал деревья. А коллекции, а орган! Всё родное. Я себя воображаю в России, тем более, что никого не вижу. Я ужасный фантазёр».

Щедрый дар Энгельгардта Казанскому университету взволновал астрономическую общественность и в России, и за границей. Некоторые его коллеги предлагали разделить инструменты по разным обсерваториям, сетуя, что это «слишком богатый подарок для одной Казани», на что тот отвечал, что «маслом кашу не испортишь». Во многих российских изданиях появились хвалебные отклики на этот патриотический поступок. Сведения дошли до самого царя, который «высочайше повелеть соизволил благодарить Доктора Энгельгардта за означенное пожертвование». Такая бумага пришла ректору Казанского университета из Министерства народного просвещения. Казанский университет присуждает В. П. Энгельгардту звание «Почётного члена Университета» с вручением диплома. Делегатом в Дрезден для вручения диплома в начале января 1898 года отправляется Д. И. Дубяго. Дмитрию Ивановичу при личном свидании легко удалось убедить Василия Павловича Энгельгардта в необходимости строительства Новой обсерватории за пределами Казани, ведь совсем недавно Василий Павлович писал: «Вам из Вашего «каменного мешка» всё-таки придётся перейти на вольный воздух ...по настоящему, и не стоит теперь делать капитальные нововведения в Казанской городской обсерватории. Ведь судьба всех городских обсерваторий — уйти из городов на гору». Именно теперь складывались благоприятные обстоятельства для начала хлопот в правительственных верхах в Петербурге о выделении средств на постройку и земельного участка под новую обсерваторию. Дар Энгельгардта, получивший большой резонанс в мире, и то, что Д. И. Дубяго, бывший уже продолжительное время членом правления Казанского университета и деканом физико-математического факультета, был назначен в 1899 году ректором, ускорили прохождение официальных бумаг и в дальнейшем утверждение бюджета и штатов Новой Обсерватории.

Тем не менее, постоянно возникали всё новые непредвиденные трудности. Энгельгардт принимает деятельное участие в обсуждении всех проектов и обстоятельств. Дубяго пишет в Дрезден, чтобы успокоить принимающего всё близко к сердцу Энгельгардта: «Попечитель Округа, вернувшись из С. Петербурга, передавал мне, что министр финансов ещё раз подтвердил ему своё обещание отпустить кредит на постройку Обсерватории. Он же вполне рассчитывает на возможность получить казённую землю, Происходит только некоторая заминка во времени. Но как быть!» Вместе с Густавом Гейде Василий Павлович занимается демонтажом своей обсерватории и пересылкой оборудования в Казань: «Так как всему на свете есть конец, то наконец сдана управлению дороги наша кладь, с чем Вас поздравляю! Всех ящиков оказалось — 20, Они совершенно наполнили большой товарный вагон. Дай Бог, чтобы кладь дошла благополучно до Казани... Посылается: 12 дюймовый экваториал, 6 дюймовый экваториал-искатель, 2.5 дюймовый отличный пассажный инструмент с ломаной трубою, часы Кноблиха, такие же Тиде (посредственные) и прочее. Башня моей обсерватории обросла диким виноградом и плющом, а теперь на моих глазах растительность подходит к давно не вертящейся части и она начинает зарастать травой забвения. Не думал никогда, что дойдёт до такого реприманда».

Предстояло ещё много трудностей и волнений, но главное желание В. П. Энгельгардта - то, чтобы его обсерватория возродилась на Родине, исполнилось. Место для новой обсерватории наконец-то было выбрано. Это был участок в двадцать десятин леса в казённой даче «Паратский обрез» в двадцати четырёх километрах от Казани вблизи железнодорожной станции «Лаврентьево» Московско-Казанской железной дороги. Четырнадцатого июля 1901 года станция была переименована в станцию «Обсерватория». Были отпущены и средства на строительство из государственного казначейства в размере 26 931 рубль. Василий Павлович, имея «мало надежду на быстрый успех», был крайне обрадован: «Очень благодарю за известие об отводе земли под Новую обсерваторию, которое меня чрезвычайно обрадовало. Я всегда печалился и даже стыдился, что моя Обсерватория находилась вне России, хотя в этом я не был виноват, потому что не имел выбора. Я всегда старался, где мог, на словах и письменно заявлять, что я русский и что моя обсерватория русская. Слава Богу, что инструменты теперь в России, и я рад, что пересылка совершилась при моей жизни... Я счастлив, что инструменты в Ваших дружеских руках. Я их берёг, лелеял, любил и меня утешает, что этим любезным инструментам будет у вас хорошо. От всей души желаю всяческих успехов при постройке новой обсерватории».