Достоверных сведений о молодых годах патриарха Гермогена (в миру – Ермолая) на сохранилось. Есть версии о его происхождении из вятских посадских людей или донских казаков.

Впервые в письменных источниках имя Ермолая встречается в связи с его священническим служением в Казани в конце 1570-х годов. Он был настоятелем Гостинодворской Никольской церкви города Казани. В 1579 году участвовал в переносе в этот храм новоявленной иконы Божией Матери Казанской, найденной после пожара в городе.

В 1587 году, после смерти жены, имя которой история не сохранила, Еромлай постригся в монахи (скорее всего - в Чудовом монастыре в Москве), приняв имя Гермогена. Вскоре после этого он стал архимандритом Спасо-Преображенского монастыря в Казани.

В 1589 году Гермоген был хиротонисан в Москве во епископа на кафедру митрополита Казанского и Астраханского. На этом посту стал активным проводником политики христианизации нерусского населения Поволжья.

С воцарением Лжедмитрия I митрополит Гермоген был включен в состав боярской думы как известный и влиятельный человек. Показал себя противником самозванца: выступал против избрания патриархом Игнатия, требовал православного крещения Марины Мнишек. Царь отдал распоряжение исключить Гермогена из думы и сослать в Казань, но его приказ не успели выполнить до убийства Лжедмитрия I.

В июле 1606 года собор русских иерархов избрал Гермогена Патриархом Московским и всея Руси. На этом посту он проявил себя как преданный сторонник царя Василия IV Шуйского: поддерживал его в подавлении восстания южных городов, отчаянно противился его свержению.

Патриарх Гермоген был ярым противником «Семибоярщины». Он пытался организовать выборы нового царя из русского рода (первым предложил кандидатуру Михаила Федоровича Романова). Скрепя сердце, согласился признать царем Владислава, сына польского короля Сигизмунда III, при условии его православного крещения и вывода польских войск из России. После отказа поляков от выполнения этих условий патриарх Гермоген с декабря 1610 года стал рассылать грамоты по городам с призывом к всенародному восстанию против интервентов. Оккупанты посадили Гермогена под домашний арест, а затем насильно свели с патриаршего престола и заключили под стражу в московском Чудовом монастыре.

Осажденные в Кремле поляки не раз посылали к Гермогену послов с требованием, чтобы он приказал русским ополченцам отойти от города, угрожая ему при этом смертной казнью. На все заходы оккупантов патриарх отвечал решительным отказом.

После девяти месяцев заточения 17 (27) февраля 1612 года патриарх Гермоген мученически скончался от голода и жажды. Он был погребен в Чудовом монастыре. В 1654 году его нетленные мощи были перенесены в Успенский собор Московского Кремля. В 1913 году патриарх Гермоген был канонизирован как священномученик.